Online-Deglykosylierung bei HDX-MS

Dr. Anne Zeck
Gruppenleiterin Bioanalytik

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Einsatz eines neuen Enzyms zur Online-Deglykosylierung im HDX-MS workflow

Protein-Protein-Interaktionsstellen oder Protein-Konformationsänderungen können mittels Wasserstoff-Deuterium-Austausch, Pepsinverdau und LC-MS-Analyse im mittleren Probendurchsatz und mit vergleichsweise niedrigen Materialmengen durchgeführt werden. Die Auflösung der Methode ist hierbei stark abhängig von der Sequenzabdeckung, welche durch den enzymatischen Verdau und die LC-MS-Analyse erhalten wird. Proteinglykosy­lierung führt hierbei zu Lücken in der Sequenzabdeckung, da sie sehr heterogen ist und sich somit die Detektionssensitivität für einzelne Glykopeptid-Spezies drastisch reduziert.

Wir arbeiten an der Implementierung einer Online-Deglykosylierung in den HDX-MS Arbeitsablauf. Hierbei verwenden wir eine neue Enzymvariante der Peptid-N-Glykanase (PNGase Rc), welche unter HDX-Quenchbedingungen (saurer pH-Wert und niedrige Temperatur) aktiv ist.

Publikationen

• Gramlich M et al. A Novel PNGase Rc for improved Protein N-Deglycosylation in Bioanalytics and Hydrogen-Deuterium Exchange coupled cith Mass Spectrometry Epitope Mapping under Challenging Conditions. Anal Chem. 2022 Jul 12;94(27):9863-9871. doi: 10.1021/acs.analchem.2c01748. Epub 2022 Jun 24. PMID: 35749695.