Einsatz eines neuen Enzyms zur Online-Deglykosylierung im HDX-MS workflow
Protein-Protein-Interaktionsstellen oder Protein-Konformationsänderungen können mittels Wasserstoff-Deuterium-Austausch, Pepsinverdau und LC-MS-Analyse im mittleren Probendurchsatz und mit vergleichsweise niedrigen Materialmengen durchgeführt werden. Die Auflösung der Methode ist hierbei stark abhängig von der Sequenzabdeckung, welche durch den enzymatischen Verdau und die LC-MS-Analyse erhalten wird. Proteinglykosylierung führt hierbei zu Lücken in der Sequenzabdeckung, da sie sehr heterogen ist und sich somit die Detektionssensitivität für einzelne Glykopeptid-Spezies drastisch reduziert.
Wir arbeiten an der Implementierung einer Online-Deglykosylierung in den HDX-MS Arbeitsablauf. Hierbei verwenden wir eine neue Enzymvariante der Peptid-N-Glykanase (PNGase Rc), welche unter HDX-Quenchbedingungen (saurer pH-Wert und niedrige Temperatur) aktiv ist.
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