Epitope Mapping

Dr. Anne Zeck
Gruppenleiterin Bioanalytik

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Überprüfung und Aufklärung der exakten Binderegion von Antikörpern mittels HDX-LC-MS

Das NMI bietet eine Charakterisierung konformationeller Epitope mittels Wasserstoff-Deuterium-Austausch mit massenspektrometrischer Analyse (HDX-LC-MS) an. Nach der Komplexbildung des Antikörpers mit dem Antigen erfolgt eine Deuterierung der lösungsmittelzugänglichen Amidprotonen. Durch Vergleich der Deuterierungs-Gewichtszunahme von Antikörper-gebundenen und freien Antigenen können Epitopregionen kartiert werden. Um die Auflösung der Methode zu erhöhen, werden die Moleküle vor der Analyse mit Pepsin zu kleinen Peptiden hydrolysiert, welche bei niedrigen Temperaturen und sauren pH-Bedingungen chromatographisch getrennt und im Massenspektrometer nachgewiesen werden.

Unsere Leistungen

• Epitope mapping konformationeller Epitope mittels HDX-LC-MS

Methoden

• LC bei niedrigen Temperaturen
• MS
• Peptide Mapping
• ES-MS
• ES-MS/MS

Publikationen

• Gramlich M, Hays HCW, Crichton S, Kaiser PD, Heine A, Schneiderhan-Marra N, Rothbauer U, Stoll D, Maier S, Zeck A. HDX-MS for Epitope Characterization of a Therapeutic ANTIBODY Candidate on the Calcium-Binding Protein Annexin-A1. Antibodies (Basel). 2021 Mar 19;10(1):11. doi: 10.3390/antib10010011. PMID: 33808657; PMCID: PMC8006148.
• Wagner TR, Ostertag E, Kaiser PD, Gramlich M, Ruetalo N, Junker D, Haering J, Traenkle B, Becker M, Dulovic A, Schweizer H, Nueske S, Scholz A, Zeck A, Schenke-Layland K, Nelde A, Strengert M, Walz JS, Zocher G, Stehle T, Schindler M, Schneiderhan-Marra N, Rothbauer U. NeutrobodyPlex-monitoring SARS-CoV-2 neutralizing immune responses using nanobodies. EMBO Rep. 2021 May 5;22(5):e52325. doi: 10.15252/embr.202052325. Epub 2021 Apr 27. PMID: 33904225; PMCID: PMC8097376.